L'établissement est administré par un conseil d'administration de vingt-huit membres dotés chacun d'un suppléant. Il est composé de :
Vingt-quatre représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements :
- Six représentants de la région Hauts-de-France,
- Six représentants des départements, à raison de :
- deux pour le département du Nord,
- deux pour le département du Pas-de-Calais,
- deux pour le département de la Somme
- Quatre représentants des établissements publics de coopération intercommunale (EPCI) à fiscalité propre, à raison de :
- un représentant de la Métropole Européenne de Lille,
- un représentant de la communauté urbaine d'Arras,
- un représentant de la communauté urbaine de Dunkerque,
- un représentant de la communauté d'agglomération Amiens métropole
- Huit représentants des autres EPCI à fiscalité propre et des communes non membres des EPCI à fiscalité propre,
Quatre représentants de l'Etat :
- un représentant désigné par le ministre chargé des collectivités territoriales,
- un représentant désigné par le ministre chargé de l'urbanisme,
- un représentant désigné par le ministre chargé du logement,
- un représentant désigné par le ministre chargé du budget.
Le conseil d'administration (CA) règle, par ses délibérations, les affaires de l’EPF. Il fixe notamment l’orientation de la politique de l’établissement en adoptant le programme pluriannuel d'intervention (PPI), vote le budget, le montant annuel de la taxe spéciale d’équipement (TSE) et approuve les transactions ou autorise la directrice générale à transiger dans les conditions qu'il détermine.
Le CA se réunit au moins deux fois par an. Il est convoqué par son président qui fixe l’ordre du jour et dirige les débats.
La directrice générale (l’équivalent de « l’exécutif »), assistée de son équipe, prépare et exécute les décisions du conseil d’administration (l’assemblée délibérante).